Sie wurde zwischen 1698 und 1728 erbaut. Nach dem Blutwunder von Walldürn 1330 entstand die Wallfahrt nach Walldürn, das zum größten eucharistischen WallfahrtsortDeutschlands wurde.[1] Die Kirche wurde 1962 von Papst Johannes XXIII. zur Basilica minor erhoben.
Walldürn wurde im Jahr 794 im Lorscher Codex erstmals urkundlich erwähnt.[2] 1248 wurde erstmals ein Pfarrer im Ort genannt. Seit wann genau es eine Kirche oder eine Pfarrei gab, ist nicht bekannt. Jedoch missionierten Mönche des Klosters Amorbach, bei dem das Recht des Walldürner Kirchensatzes lag, die Gegend seit dem 8. Jahrhundert. 1277 veräußerte das Kloster das Recht an das Bistum Würzburg. 1294 verkauften Ruprecht von Dürn-Forchtenberg und sein Sohn die Stadt Walldürn und den ihnen nicht zustehenden Pfarrsatz an das Erzbistum Mainz. Um das Patronatsrecht gab dann immer wieder Streitigkeiten zwischen Würzburg und Mainz. Der Zwist wurde erst 1656 beigelegt, als Johann Philipp von Schönbornsowohl Bischof von Würzburg als auch Erzbischof von Mainz war und einen großen Pfarreientausch zwischen den beiden Diözesen durchführte.
Um 1330 soll sich das Blutwunder von Walldürn ereignet haben, aus dem sich die Wallfahrt nach Walldürn entwickelte. 1445 bestätigte Papst Eugen IV. das Wunder und gewährte einen Ablass, was die Wallfahrt förderte. 1497 war eine Vergrößerung der Kirche notwendig. Sie hatte nun fünf Altäre, darunter den Blutaltar mit dem Korporale. Die Reformation hielt in Walldürn keinen Einzug, allerdings ließ die Beteiligung an der Wallfahrt stark nach. Um 1600 nahm der Pilgerstrom allmählich wieder zu, weswegen 1626 die Kirche umgebaut wurde und drei neue Altäre erhielt. Nach dem Dreißigjährigen Krieg blühte die Wallfahrt weiter auf, so dass die Kirche zu klein wurde. Oberamtmann Johann Franz Sebastian von Ostein sprach sich bei seinem Onkel Erzbischof Lothar Franz von Schönborn für einen Neubau aus. Der Bau wurde im Wesentlichen zwischen 1698 und 1714 ausgeführt, die Ausstattung folgte bis 1728.
1787 wurde im Erzbistum Mainz ein Teil des Kapitels Miltenberg abgetrennt und das Landkapitel Walldürn gebildet. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurde die Stadt ein Teil Badens. Die Großherzöge verfolgten das Ziel, eine Diözese in Übereinstimmung mit den Grenzen des Landes zu bilden. So gelangte Walldürn 1817 zunächst zum bischöflichen Vikariat Bruchsal und schließlich 1821/27 zum neu gegründeten Erzbistum Freiburg. Das alte Landkapitel Walldürn, seit 1863 Dekanat, hatte weiter Bestand, bis es 1976 aufgelöst wurde. Heute gehört die Pfarrei zur Seelsorgeeinheit Walldürn im Dekanat Mosbach-Buchen. Die Pfarrei und die Wallfahrt wurden ab 1938 von den Augustinern betreut, 2007 übernahm diese Aufgabe die Danziger Provinz der Franziskaner-Minoriten.