Mit ihrem Namen ehrt die Beginenstiftung ihr historisches Vorbild, die mittelalterliche Beginenbewegung. Die historischen Beginen waren Singlefrauen, die in einem spirituellen Kontext gemeinschaftlich und fast hierarchiefrei in Stiftungshäusern oder Höfen wohnten. Sie unterstützten sich gegenseitig und bestritten ihren Lebensunterhalt im sozialen, handwerklichen oder Bildungsbereich selbst. Sie lebten – gemessen an mittelalterlichen Vorstellungen – in einer relativen Autonomie und können als die erste Frauenbewegung der Weltgeschichte bezeichnet werden.
Auch heute leben viele Frauen aus unterschiedlichen Gründen allein und unterhalten sich selbst; der Anteil der weiblichen Singles nimmt zur Zeit zu. Damit ist aber auch die Gefahr von Isolation und Einsamkeit gegeben, insbesondere für Alleinerziehende und ältere Singlefrauen. So ist es nachzuvollziehen, dass zur Zeit eine Wiederbelebung der Beginenbewegung in einer modernen Form statt findet, zu der auch die Beginenstiftung – die zunächst den Namen "Beginenstiftung Tübingen" führte – beitragen möchte. Ein spezielles Anliegen ist ihr das gemeinschaftliche Wohnen von Frauen, wozu verschiedene Projekte gestartet wurden.
Die Beginenstiftung hat ihren Sitz in Tübingen, versteht sich aber als überregionale Stiftung. Sowohl die geförderten Frauen wie auch die Bewohnerinnen des Beginenhauses können, aber müssen nicht aus Tübingen stammen.