Sie ist eine alte, gewachsene, traditionsbewusste Kirchen-gemeinde. Bis zur Säkularisation war Mergentheim Sitz des Hoch- und Deutschmeisters des Deutschen Ordens.
Heute ist die Gemeinde ein vielfältiger Organismus, der durch Verbände, Vereine und Gruppen geprägt ist. Auf vielerlei Weise gestaltet sie das Leben der Kommune mit. Die Münstergemeinde St. Johannes gehört zur Seelsorgeeinheit L.A.M.M.. Dazu gehören auch die Katholischen Gemeinden St. Gumbert in Apfelbach, St. Kilian in Markelsheim und Zur Allerheiligsten Dreifaltigkeit in Löffelstelzen.
Die Katholische Kirchengemeinde St. Johannes Baptist ist auch Träger der nachstehend genannten Einrichtungen. Diese werden vom Katholischen Verwaltungszentrum Bad Mergentheim betreut.