Im Jahre 1556 wurde im Zuge der Reformation das Chorherrenstift Öhringen aufgelöst, und das Vermögen stand den Grafen von Hohenlohe für kirchliche Zwecke zur Verfügung. Nun konnte in Pfedelbach ein evangelischer Pfarrer angestellt werden. Die evangelische Peter- und Paulskirche in Pfedelbach wurde 1588 bis 1589 an Stelle einer alten gotischen Kapelle durch Gräfinwitwe Agathe von Hohenlohe-Pfedelbacherbaut. Die Geschichte der evangelischen Kirche ist eng mit dem Schloss Pfedelbach, das 1568 bis 1572 erbaut wurde, verbunden.
Die Apostel- und Prophetenbilder an der Empore sind wahrscheinlich Werke des Malers Joachim Georg Creutzfelder. In alten Kirchenbücher ist zu lesen: „1724 am Festtag Allerheiligen entschlief in Herrn nach ausgestandener schmerzlicher Krankheit endlich sanft und Stille die hochgeborene Gräfin Christina Juliana v. Hohenlohe-Pfedelbach, unseres gnädigen Grafen und Herrn Gräfin Schwester und wurde nach dero Wunsch und Begehren in hiesiger Kirche hinter dem Altar, den 8. November nach einem Leichzermon beerdigt …“. Der letzte evangelische Graf Ludwig Gottfried starb 1728 kinderlos. Vom katholischen Erben Graf Ferdinand zu Hohenlohe-Bartenstein erhielt die evangelische Kirche kaum Unterstützung. 1730 musste man den Kirchturm mit Eisenklammern stabilisieren. 1749 wurde die Kirche renoviert; die Fundamente hatten sich verlagert. 1890 stand die Kirche vor dem Einsturz und wurde auf Anordnung der Baupolizei geschlossen. Man riss die Kirche bis auf den Turm und den Chor ab. Für 105.000 Mark sollte der vom Architekten Frey aus Stuttgart entworfene Neubau entstehen. Zur Finanzierung wurden zwei Lotterien aufgelegt. In Öhringen entstand dazu ein Hilfskomitee, das u. a. einen Hilferuf für Pfedelbach veröffentlichte. Auch der Staat bewilligte Beiträge. Im Januar 1894 konnte die Kirche wieder eingeweiht werden. 1945 wurde die Kirche durch Artilleriebeschuss schwer beschädigt und wurde zunächst nur behelfsmäßig repariert. 1960 fand eine Innensanierung statt. Im Jahre 1963 baute man einen neuen Glockenstuhl ein und ersetzte die schweren Stahlglocken durch leichtere Bronzeglocken. 1992 war Einweihung der neuen Orgel. Die Gruft der Gräfin Christina Juliana, deren Epitaph sich an der Nordseite des Chores befindet, wurde im Jahre 1999 bei der Renovierung der Heizungsanlage hinter dem Altar wieder aufgefunden.[1] Im Mai 2008 wurde die Peter- und Paulskirche durch ein Unwetter mit starkem Hagelschlag beschädigt.