Als Dependance der Kunsthalle Würth - und fußläufig in wenigen Minuten von dieser entfernt - bildet das umfassend sanierte Gebäude die ideale Heimstatt für die bedeutende Sammlung Alter Meister in der Sammlung Würth, die den ehemaligen Fürstlich Fürstenbergischen Bilderschatz sowie zahlreiche Neuerwerbungen umschließt. Zurückgeführt werden konnten in die Johanniterkirche einige Exponate ihrer ehemaligen sakralen Ausstattung.
Seit Januar 2012 bereichert die "Madonna des Bürgermeisters Jacob Meyer zum Hasen ("Schutzmantelmadonna")" von Hans Holbein der Jüngere die exquisite Sammlung Alter Meister in der Johanniterkirche.
Seit Mitte Oktober 2013 wird der Falkensteiner Altar vom Meister von Meßkirch präsentiert, der nicht nur zu den bedeutensten Künstlern der altdeutschen Malerei gehört, sondern auch zu den Rätselhaftesten. Mit dem Erwerb wesentlicher Teiler des im 1530 entstandenen Falkensteiner Altarretabels ist nun ein weiteres zentrales Werk des Meisters in die Sammlung Würth gekommen.
Die Sanierung der Johanniterkirche umfasste den Umbau nach höchsten musealen Standards, sowie die denkmalgerechte Restaurierung des originalen gotischen Dachwerks von 1400/01, das sich als ältestes seiner Art in Süddeutschland erweist. Zahlreiche, in der wechselvollen Geschichte profaner Nutzung unsachgemäß hinzugekommene bauliche Ergänzungen mussten zunächst entfernt, Dekorelemente freigelegt und gereinigt, die Natursteinfassade restauriert, die Gewölberippen des Chors und die Gewände der Maßwerkfenster im Innenraum konservatorisch behandelt und der Dachstuhl freigelegt werden, um das Gebäude wieder in seiner ursprünglichen Gestalt, Schönheit und Qualität erlebbar werden zu lassen.