Der Bau der Kirche wurde am 22. Februar 1398 begonnen und bis 1440 beendet. Hierbei wurde der romanische Vorgängerbau nicht abgerissen, sondern man „umbaute“ den Vorgängerbau, der in dieser Zeit weiter benutzt wurde, bis das Kirchenschiff etwa 2 m hoch gemauert war. Danach wurde der Vorgängerbau abgerissen; die Steine wurden teilweise wieder beim Bau des gotischen Nachfolgers verwendet.
Zunächst wurden Turm, Chor und Sakristei errichtet. Im zweiten Bauabschnitt wurden das Fundament und das Mauerwerk des Kirchenschiffs bis etwa 2 m Höhe gebaut und der Vorgängerbau abgetragen. Im dritten Abschnitt schließlich wurden die für den Abbruch des Altbaus freigehaltene Lücke an der Nordseite geschlossen und das gotische Kirchenschiff vollendet.
1440 konnte die Weihe nur unter Notdächern über Schiff und Chor stattfinden, weil der Dachstuhl noch nicht begonnen war. Dendrochronologische Altersbestimmungen ergaben, dass die heutigen Dachstühle in den Jahren 1454 (Chor) und 1457 (Kirchenschiff) erbaut wurden.
Nach dem Kirchturmbrand 1643 erhielt der Turm seine welsche Haube mit Laterne.
Kriegsschäden 1945[Bearbeiten]
Im Zweiten Weltkrieg erlitt die Johanneskirche im Gegensatz zu den meisten anderen Gebäuden Crailsheims nur leichtere Beschädigungen. Am schmerzhaftesten war der Verlust der gemalten Chorfenster, die wie alle anderen Kirchenfenster der Schlacht um Crailsheim zum Opfer fielen. Außerdem wurden viele Türen beschädigt, von denen sich die meisten nach dem Krieg nicht mehr schließen ließen. Das Dach wurde zur Hälfte abgedeckt und Regen konnte in die Kirche eindringen. Durch das Wasser wurden die Gipsdecken von Chor und Seitenschiffen zerstört. Da sich einige Gemeindemitglieder auf das Dach wagten, um notdürftige Reparaturen durchzuführen, gab es glücklicherweise keine nennenswerten weiteren Beschädigungen.